Одной из наиболее характерных черт проекта и своеобразным почерком Хидэо Кодзимы является использование многочисленных аллюзий, символов и изобразительных приемов, напоминающих о постмодернизме. Например, некоторые отрицательные персонажи обладают оригинальным внешним видом и возможностями, и, на первый взгляд, неуместны в серьёзном технотриллере, к которому номинально можно отнести MGS, а скорее подходят для комикса или аниме. Кроме того, в сюжет игры вплетены как мистические, так и фантастические составляющие, несмотря на очевидный реалистичный сеттинг.В Metal Gear Solid существует несколько моментов, во время которых ломается четвёртая стена ― игра обращается непосредственно к игроку:Психо Мантис показывает несколько трюков, чтобы доказать свои телепатические способности. Он сообщает игроку, есть ли у него на карте памяти сохранения от других игр Konami, двигает джойпад, используя функцию вибрации, и его гораздо сложнее победить, если игрок не догадается переключить манипулятор в другой слот.
Необходимую для прохождения игры радиочастоту Мэрил (140.15) можно узнать, посмотрев на скриншот с обратной стороны лицензионной коробки от игры. Подобный трюк ранее использовался в Metal Gear 2: Solid Snake на MSX, когда полковник Кэмпбелл менял номер частоты.Солид Снейк говорит с Мэй Лин при помощи кодека — особой рации.

• Солид Снейк (англ. Solid Snake, твёрдый змей) — главный герой, контролируемый непосредственно игроком. «Легендарный Наёмник» (англ. Legendary Mercenary), известный миру по событиям во «Внешних Небесах» (англ. Outer Heaven) и в Занзибаре (англ. Zanzibar Land) . Предпочитает работать в одиночку, спокойный, уверенный в себе профессионал. Довольно циничен, всегда берёт с собой на задание пачку сигарет как своеобразный талисман. Не любит разговоры о прошлом, не интересуется жизнью других людей. На момент действия MGS отошёл от дел и проживает отшельником на Аляске. О его происхождении известно очень немногое. По ходу игры узнается, что он сын, а точнее клон Биг Босса, который был первым Змеем и основал FOXHOUND.
• Мэрил Сильвербёрг (Meryl Silverburgh) — племянница (возможно, дочь) полковника Кэмпбелла. С детства мечтала стать солдатом и была большой поклонницей FOXHOUND и Солида Снейка. Случайно оказалась на Shadow Moses в момент захвата базы, отказалась присоединиться к террористам и была заключена в тюремную камеру. Обладает хорошей физической подготовкой и великолепной реакцией, сканмастер пытается казаться опытным солдатом, но, до событий MGS, никогда не стреляла в живых людей. В игре является своеобразным напарником Снейка.
• Киборг-Ниндзя/Грей Фокс (англ. Gray Fox, серый лис) — лучший оперативник FOXHOUND, единственный, имевший в кодовом имени слово «fox». В Zanzibar Land присоединился к Биг Боссу и был вынужден противостоять своему старому другу Солиду Снейку. Погиб в сражении на минном поле. Вскоре его тело было восстановлено и заключено в экзоскелет, благодаря чему приобрело огромную силу и ловкость. Все эти операции проводились на Shadow Moses. Фактически Грей Фокс получил второе рождение, но единственной целью его существования стала встреча со Снейком. В некоторых местах проявляются приступы психоза, связанные с прошлым. В качестве оружия использует особую, высокотехнологичную версию катаны, которой способен отбивать пули. В игре является противником Снейка, но в конце отдаёт за него жизнь.
• Хэл «Отакон» Эммерих (Hal «Otacon» Emmerich) — главный конструктор Metal Gear REX, заблуждающийся относительно возможностей применения своего детища. Любит аниме, отсюда его прозвище, и многие идеи для своих проектов берёт именно оттуда. Труслив и не способен к лидерству, но отзывчив и умен. Отличный хакер. Симпатизирует Снайперу Вулф (англ. Sniper Wolf) после короткого знакомства. Помогает Снейку после встречи, оказывая ему поддержку по кодеку.